美国癌症网络_美国癌症数据库数据挖掘

抗癌饮食 2025-08-25 16:59肝癌症状www.aizhengw.cn

1. TCGA（癌症基因组图谱）

由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)联合开发，涵盖33种癌症的基因组、转录组、表观遗传组等多组学数据。

数据包括临床信息、基因表达、突变、拷贝数变异等，支持通过GDC Data Portal或R包`TCGA biolinks`下载处理。

典型应用：基因差异表达分析、生存分析、甲基化模式研究等。

2. SEER（监测、流行病学和最终结果数据库）

美国癌症统计权威来源，覆盖约28%人口，包含癌症发病率、生存率及临床治疗数据。

数据挖掘方法包括分类、聚类、关联规则等，用于流行病学研究和治疗效果评估。

需通过SEERSTAT软件获取数据，签署使用协议。

3. NCDB（国家癌症数据库）

覆盖全美70%新诊断癌症病例，聚焦临床治疗过程和结局分析。

TCGA工具链

推荐使用UALCAN、cBioPortal等在线平台进行交互式分析，或通过Firehose服务器批量下载预处理数据。

技术流程：数据清洗→特征选择（如ReliefF算法）→聚类分析（如K-means）→模式验证。

SEER研究设计

常见回顾性研究框架：数据提取→清洗→统计建模（如Cox回归）→生存分析。

访问限制：近期有报道称NCI部分数据库可能对中国用户禁用，需关注政策变化。

替代资源：可考虑ICGC、COSMIC等国际癌症基因组数据库作为补充。

如需具体操作指南，可进一步说明挖掘目标（如乳腺癌预测或癌趋势分析）。

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